Вот нашла ещё одну версию, которая мне больше нравится!
Происхождение названия связывают со словом “чермный”, т.е. красивый, но при многочисленных переписях летописных списков получилось слово “черное”, а потом и “чёрное”, т.к. не все монахи понимали, что именно они пишут. Подтверждением является имя Василия Чёрного князя Тьмутараканского, который в ранних летописях именуется Чермным (красивым), а в более поздних списках – Чёрным.

Серия сообщений "почемучки":
Часть 1 - Почему Черное море называют черным
Часть 2 - Почему Черное море называют черным 2
Часть 3 - Почему люди зевают?
Часть 4 - Почему зебра полосатая?
Часть 5 - Почемучка. О природных явлениях